Согласно закону, нежелательной может быть признана деятельность иностранной или международной неправительственной организации, представляющей угрозу основам конституционного строя России, обороноспособности страны или безопасности государства.

Закон дает генпрокурору или его заместителям право запрещать нежелательным организациям осуществлять программы и проекты на территории России. Делаться это должно по согласованию с МИДом.

Предусмотрена и возможность исключения организации из перечня нежелательных.

Закон обязывает кредитные и некредитные финансовые организации отказать в проведении операции с денежными средствами и иным имуществом, одной из сторон которой является организация, включенная в перечень нежелательных в России.

Кредитные и некредитные организации также должны предоставлять информацию о фактах отказа в проведении такой операции в Росфинмониторинг, а он в свою очередь представляет такую информацию в Генпрокуратуру и в министерство юстиции.

Закон также уточняет наказание за осуществление деятельности в России нежелательной организации, если эти действия не содержат уголовно наказуемого деяния. За подобное предусматривается административный штраф для граждан в размере от 5 до 15 тыс. рублей; для должностных лиц - от 20 до 50 тыс. рублей; для юридических лиц от 50 до 100 тыс. рублей.

Законом предусмотрено введение уголовного наказания, если руководство либо участники нежелательной организации два раза в течение одного года подвергались административному наказанию за аналогичные преступления. За это предусмотрен штраф от 300 тыс. до 500 тыс. рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от 2 до 3 лет либо обязательными работами на срок до 360 часов.

Лицо, добровольно прекратившее участие в деятельности нежелательной организации, освобождается от уголовной ответственности, если в его действиях не содержится иного состава преступления.